寻找特定精灵是游戏进程的重要环节。初始阶段玩家需在真新镇大木博士研究所选择初始精灵，包括小火龙、杰尼龟和妙蛙种子三种。小火龙作为火系精灵后期进化成喷火龙后攻击力突出，杰尼龟水系属性在前期道馆战中优势明显，妙蛙种子草/毒双属性擅长状态控制。选择后将与宿敌小茂进行首次对战，获胜后获得宝可梦图鉴，正式开启收集之旅。
游戏中期需重点捕捉道馆战对应的属性克制精灵。尼比市岩石系道馆建议使用水系或草系精灵，华蓝市水系道馆需准备电系或草系精灵。月见山可捕获皮皮、超音蝠等特殊精灵，使用钓竿在各地水域能钓到鲤鱼王、角金鱼等水生精灵。无人发电厂深处栖息着电系神兽闪电鸟，双子岛通过推岩石阻挡急流后可遇见冰系神兽急冻鸟，这些特殊地点精灵对队伍构建至关重要。
后期探索需要关注版本限定精灵与通信进化种类。火红版独占穿山鼠、尼多兰等地面系精灵，叶绿版则有大舌贝、卡蒂狗等对应版本限定。需要通信进化的胡地、耿鬼等精灵可通过游戏内NPC交换获得。红莲岛废弃研究所可遇见梦幻，超梦则位于华蓝洞窟最深处，捕捉这些幻兽需要准备足够的高级球与状态技能。
游戏隐藏要素中包含多项特殊精灵获取方式。完成七岛剧情后，1号岛灯火山顶可遭遇火焰鸟，3号岛森林能发现雪拉比。通过神秘船票可前往诞生岛捕捉代欧奇希斯，其四种形态需要特定陨石转换。游戏内每日事件如狩猎地带稀有精灵出现率变化，以及特定树果吸引精灵机制都需要玩家持续关注。
精灵培养方面需要注意个体值与努力值分配。野生原野区的吉利蛋拥有极高HP个体值，冠军之路的准神快龙适合物攻培养。使用特性为同步的凯西带队，能提高遭遇相同性格精灵的概率。游戏后期可通过战斗工厂检测队伍强度，这对挑战对战开拓区至关重要。
通关后内容包含大量稀有精灵收集要素。关东地区草丛随机出现炎帝、雷公、水君三圣兽，需要先获得对应的传说精灵情报。完成宝石版联动后，南方小岛可捕捉拉帝亚斯或拉帝欧斯，这种跨版本互动机制极大丰富了收集维度。图鉴完成度直接影响游戏评价，全精灵收集需要系统规划捕捉路线与交换策略。