神圣之地的净化主要通过环境改造器和蓝溶液实现。玩家需要从朋克商人NPC处购买环境改造器，搭配蓝溶液作为消耗品，喷洒目标区域即可将普通地块转化为神圣之地。该方法效率较高，适合大规模改造。环境改造器的喷射范围较广，能快速覆盖大面积区域，但需注意保留地图多样性，避免因过度改造导致后期资源匮乏。神圣之地在击败肉山后会自动生成，通常以V字形或X字形交叉分布在地图下方，其特征包括白色土壤、彩色树木、蓝绿色草地及粉红色河流。
另一种净化方式是手动铺设神圣化地块。能够传播神圣化的物块包括铺有神圣草地的泥土、珍珠沙、珍珠岩石等。将这些物块放置在普通地表上，神圣化会逐渐蔓延至周围区域。该方法成本较低但效率有限，适合小范围精准改造。神圣之种也可用于人工种植神圣草地，但需注意神圣化与腐化或猩红之地的相互排斥性，两者接触时会相互抵消。若需彻底清除腐化或猩红地块，建议先使用环境改造枪配合绿溶液进行预处理。
隔离带建设是控制神圣之地范围的重要手段。在神圣之地与其他生物群落交界处挖掘至少6格宽的隧道，并用木材、粘土等抗侵蚀方块填充，可有效阻止神圣化蔓延。该措施尤其适合保护NPC居住区或特定资源点。对于地下神圣之地，需注意其由珍珠石和珍珠沙构成的特征，其蔓延速度与地表相同。明胶水晶作为地下神圣之地的特殊产物，可用于召唤史莱姆皇后，建议在隔离工程完成后采集。
后期维护阶段建议定期检查树妖NPC提供的大地图污染度报告。任何遗漏的腐化或猩红地块都可能导致净化工程前功尽弃。使用太阳喷发等照明穿透武器辅助检查地下区域，发现残余污染区块应及时补喷溶液。若采用地图编辑器辅助净化，需精确设置200格大小的刷子工具，选择仅匹配腐化/血腥物块模式，确保替换彻底性。地表图层的净化优先级应高于地下，因其蔓延速度更快且更易观察。
最终净化效果评估需结合视觉特征与敌怪生成情况。完全净化的神圣之地会持续生成妖精、独角兽等特有生物，背景呈现彩虹特效，水体保持稳定的粉红色。若出现腐化或猩红敌怪，表明该区域净化不彻底，需重新处理。神圣之地本身也属于可蔓延的特殊生态，过度扩张可能影响其他生物群落平衡，建议将神圣化比例控制在总地图面积的30%以内以维持游戏体验的多样性。