后期副本的核心在于阵容搭配与实战操作的深度结合。合理的武将组合能够弥补战力差距，尤其在面对精英副本或活动副本时，需根据敌方特性调整阵容。通用阵容推荐以前排典韦或赵云承担伤害，中排周瑜或诸葛亮提供群体输出与控制，后排搭配治疗或增益型武将如蔡文姬。注意敌方属性克制关系，例如火属性武将华雄可用水属性张郃或甘宁针对，伤害效率可提升20%。战力压制机制需通过装备精炼、将星系统等途径缩小差距，当敌方平均战力超过己方15%时，触发伤害减免效果会显著增加通关难度。
副本中的地形机制与技能打断是实战关键。部分副本如长坂坡存在滚木、落石等场景元素，手动拖动武将至安全区域可规避50%范围伤害。BOSS类敌人释放技能前有明显动作前摇，例如张角举杖或董卓蓄力，用郭嘉的冰冻或张辽的突进技能打断可形成循环控制链。怒气管理同样重要，武将怒气值上限为1000点，普通攻击、受击及释放技能均可积攒怒气，但手动保留关键控制型武将的怒气技能用于打断敌方核心技能更为稳妥。
每日体力建议优先用于活动副本与精英副本，前者提供稀有材料，后者产出装备突破所需的高品质资源。紫色品质以下装备无需过度精炼，金色装备优先强化武器与鞋子以提升攻击与速度属性。武将培养应集中核心输出角色，如吕布或赵云突破至三星解锁关键技能，辅助类武将达到二星即可满足功能需求。扫荡功能适用于主线副本，但高阶材料需在20章后的副本中获取，需预留体力应对阶段性瓶颈。
部分副本存在隐藏点，如地图左上角石碑处可能触发额外战斗或资源奖励。宝箱守卫挑战消耗5点体力，失败不扣除，建议战力达标后集中清理。答题类NPC答对可获得100元宝，错误答案仅得50元宝，若无法确定答案可暂缓挑战。支线任务需消耗体力，建议在卡关时回头完成，避免影响主线进度。副本结算界面会明确提示未达成三星的原因，便于针对性调整阵容或操作策略。
后期副本的容错率较低，需平衡即时操作与长期养成。阵容调整时可继承武将进阶、升级与装备资源，避免重复消耗。九宫格站位中，前排应放置护卫或先锋类武将，中后排谋士与辅助需远离敌方AOE技能范围。面对竖排攻击型敌人时，主坦身后避免布置脆皮武将以减少连带伤害。手动操作控制型武将的技能释放时机，是逆转战局的核心手段。