少年三国志的吴国双核玩法虽然具有较高的战略深度和战斗趣味性，但在实际运用中存在多方面的限制。该玩法要求玩家同时培养两位核心武将，通常选择一位输出型武将和一位辅助/控制型武将的组合，例如孙坚与吕蒙、孙权与周瑜等。这种配置需要玩家在资源分配、阵容搭配和战术执行上投入更多精力，尤其在武将培养和技能联动方面面临较大挑战。
两位核心武将需要同步提升等级、装备和技能强度，这对金币、觉醒丹和同名武将碎片的需求量显著增加。同名法宝的消耗问题尤为突出，例如法宝觉醒需要大量同名法宝碎片，而获取途径有限。双核阵容往往需要搭配特定辅助武将（如大乔的治疗或鲁肃的减怒），进一步挤占资源。若资源倾斜不足，可能导致双核强度失衡，反而削弱整体战力。
战术执行层面，双核玩法对战斗节奏的要求更为严苛。玩家需精准把握两位核心武将的技能释放顺序和时机，例如孙坚的横排输出需配合吕蒙的残血收割。若配合失误，可能浪费关键技能或错失输出窗口。双核阵容对站位调整的依赖性较高，例如孙权的单体爆发需对位敌方核心，而吕蒙需后置以发挥收割效果。这种精细操作在自动战斗模式下难以实现，限制了该玩法在部分场景的适用性。
双核阵容在面对特定对手时可能表现不稳定，例如对抗极限单核阵容时，若未能快速击破敌方核心，可能陷入持久战劣势。吴国武将普遍偏向后期发力，双核成型周期较长，前期容易被速攻阵容压制。玩家需根据对手阵容动态调整双核组合，例如面对控制型队伍时优先选择带解控技能的武将，这对武将池深度提出较高要求。
双核玩法的搭配方案复杂，玩家需通过论坛或社群交流经验以优化组合，例如周瑜与陆逊的火攻联动、孙尚香与甘宁的暴击加成等。缺乏相关知识的玩家容易陷入培养误区。该玩法对军师和光环系统的配合要求较高，例如周瑜军师的火系增益需与主将技能匹配，进一步增加了学习成本。
吴国双核玩法在提升策略性的对资源管理、操作水平和战术理解均设定了较高门槛。玩家需权衡其战略价值与实施难度，通过合理规划逐步实现阵容优化。该玩法的限制本质上是其深度机制的副产品，而非设计缺陷，需要玩家以更系统的视角应对挑战。