少年三国志2作为前作的正统续作，在保留核心卡牌玩法的基础上进行了多方面的创新与升级，其中最显著的差异体现在画风立绘、战斗系统、玩法内容和武将养成四个方面。游戏力邀知名画师加盟，采用spine动画技术，使武将立绘更加精美细腻，动作表现也更加逼真流畅，整体美术风格相比前作有了质的飞跃。
少年三国志2最大的革新是引入了兵符合击玩法，突破了前作阵容搭配的局限性。前作中武将上阵后才能触发合击技能，而续作通过兵符系统实现了更自由的技能组合，玩家可以上阵更多武将并搭配不同的合击技能，大大提升了战斗的策略深度。同时新增的即时战斗系统让玩家能更直接地体验到战场上的紧张刺激感。
玩法内容的丰富程度是两代游戏的另一大差异点。少年三国志2新增了名将传玩法，让玩家可以化身三国名将亲历经典战役，这种融合RPG元素的自由探索模式在前作中并未出现。续作还加入了城池攻防、联盟对战等策略玩法，以及各种限时活动如年兽之乱等，整体可玩性得到显著提升。
武将养成系统在两代游戏中也存在明显区别。少年三国志2在保留前作武将升级、进阶等基础养成内容外，新增了更多维度的培养方式，如神兵系统、军师系统等。特别是锦囊系统的加入，通过不同锦囊的搭配可以显著改变战斗效果，这种策略性养成要素在前作中较为少见。续作中武将获取途径也更加多样化，除了常规抽卡外，还能通过列传玩法等渠道获得。
少年三国志2在继承前作经典卡牌玩法的基础上，通过画面升级、系统创新和内容扩充，打造出了一个更具策略深度和沉浸感的三国世界。游戏既保留了让老玩家熟悉的元素，又通过诸多革新为玩家带来了全新的体验，这种平衡传统与创新的做法使其成为一款成功的续作。