击败四大天王并成为冠军并非游戏的终点。通关后，玩家仍可继续探索关都地区，解锁新的剧情和隐藏内容。游戏设计者为玩家保留了丰富的后续体验，包括七岛剧情、神兽捕捉以及特殊道具获取等。这些内容并非强制推进的主线，而是以支线谜题的形式存在，需要玩家主动发掘。
成为冠军后，玩家需确保图鉴收录至少60种宝可梦，随后前往真新镇与大木博士对话。此举将触发七岛剧情的开启，获得船票后可乘船前往南方岛屿。这些岛屿分布着独特的生态环境和训练师，部分区域需要通过解谜才能进入。例如第六岛需使用一字斩开启洞穴石门，内部迷宫布局复杂，需合理运用推石机关才能获取蓝宝石等关键道具。
游戏中的神兽捕捉是后期重要谜题设计。急冻鸟位于双子岛深处，需穿越复杂冰面迷宫；超梦则藏身于华蓝洞窟，需通过闪光术探索黑暗区域。部分神兽如火焰鸟和闪电鸟的栖息地存在环境互动机制，需要先解决地形障碍。紫苑镇宝可梦塔的幽灵事件虽在主线中解决，但塔顶仍保留着可反复挑战的训练师和隐藏道具。
通信进化相关的谜题在通关后依然存在。游戏内部分宝可梦如勇吉拉和豪力需要通过连线交换才能进化，单机玩家则需寻找特定NPC进行替代性交换。彩虹游戏中心的火箭队秘密基地虽在主线中被摧毁，但地下通道仍保留着需要钥匙卡开启的隐藏房间，内含提升个体值的特殊道具。这些设计延续了游戏的核心探索机制。
时间事件和周期性谜题为游戏增添持续可玩性。某些地点如诞生岛和回忆之塔会在特定时间段开放特殊事件，需要玩家反复访问触发。枯叶市的圣安奴号游轮虽在主线剧情后离港，但会定期返航并提供新的对战对手。此类动态设计使得关都地区始终存在待解谜题，维持着玩家的探索欲望。